Laboratorio de Bioinformática

El laboratorio está a cargo del Dr. Marcelo Soria y funciona como parte de la Cátedra de Microbiología Agrícola.

Objetivos

Se prestan servicios de análisis de datos bioinformáticos en las áreas de genómica, transcriptómica y metagenómica.

Servicios

  • Ensablado de genomas,  metagenomas y transcriptomas a partir de datos secuenciación de ADN con tecnologías illumina, PacBio, 454.
  • Anotación de genomas, metagenomas.
  • Análisis cuantitativo de experimentos transcriptómicos
  • Búsqueda de variantes alélicas en relevamientos de SNPs.
  • Asistencia en el diseño de experimentos metagenómicos y trancriptómicos.
  • Análisis de datos metagenómicos originados en estudios de secuenciación de amplicones (16S, 18S, ITS), o de secuenciación de ADN total.

Labor científica

Las actividades científicas principales del laboratorio se relacionan con el análisis de datos de secuenciación genómica que permitan el ensamblado y anotación de genomas y la búsqueda de variantes genómicas, en diferentes organismos. Análisis de datos transcriptómicos, que incluyen el ensamblado de novo de transcriptomas en el caso de Metagenómica de comunidades microbianas.

Algunos trabajos publicados:
  • Klepp LI, Eirin ME, Garbaccio S, Soria M, Bigi F, Blanco FC. Identification of bovine tuberculosis biomarkers to detect tuberculin skin test and IFNγ release assay false negative cattle. Research in veterinary Science. 2019. 122:7-14. DOI: 10.1016/j.rvsc.2018.10.016.
  • Medina V, Sardoy PM, Soria M, Vay CA, Gutkind GO, Zavala JA. Characterized non-transient microbiota from stinkbug (Nezara viridula) midgut deactivates soybean chemical defenses. PLoS ONE, 2018, 13(7): e0200161. DOI:10.1371/journal.pone.0200161.
  • García EA, Blanco FC, Bigi MM, Vazquez CL, Forrellad MA, Rocha RV, Golby P, Soria MA, Bigi F, Characterization of the two component regulatory system PhoPR in Mycobacterium bovis, Veterinary Microbiology, 2018, 222:30-38. DOI:10.1016/j.vetmic.2018.06.016. 
  • Blanco FC, Soria MA, Klepp LI, Bigi F. ERAP1 and PDE8A Are Downregulated in Cattle Protected against Bovine Tuberculosis. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 2017;27(4):237-45. DOI:10.1159/000479183.
  • Bigi MM, Lopez B, Blanco FC, del Carmen Sasiain M, De la Barrera S, Marti MA, Sosa EJ, Do Porto DA, Ritacco V, Bigi F, Soria MA. Single nucleotide polymorphisms may explain the contrasting phenotypes of two variants of a multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis strain. Tuberculosis. 2017, 103:28-36. DOI:10.1016/j.tube.2016.12.007.
  • Ben Guerrero E, Soria M, Salvador R, Ceja-Navarro JA, Campos E, Brodie EL, Talia P. Effect of Different Lignocellulosic Diets on Bacterial Microbiota and Hydrolytic Enzyme Activities in the Gut of the Cotton Boll Weevil (Anthonomus grandis). Frontiers in Microbiology, 2016, 7:2093. DOI: 10.3389/fmicb.2016.02093
  • Bigi MM, Blanco FC, Araújo FR, Thacker TC, Zumárraga MJ, Cataldi AA, Soria MA. Bigi, F. Polymorphisms of 20 regulatory proteins between Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium bovis. Microbiology and Immunology, 2016, 60: 552–560. DOI:10.1111/1348-0421.12402
  • Montecchia MS, Tosi M, Soria MA, Vogrig JA, Sydorenko O, Correa OS. Pyrosequencing Reveals Changes in Soil Bacterial Communities after Conversion of Yungas Forests to Agriculture. PLoS One, 2015, 10(3):e0119426. DOI:10.1371/journal.pone.0119426

Informes

  • Laboratorio de Bioinformática – Cátedra de Microbiología Agrícola de la Facultad de Agronomía.
    Tel: (011) 5287-0061

    E-mail: soria@agro.uba.ar