El Laboratorio de Bioinformática está dirigido por el Dr. Marcelo Soria con la colaboración de la Lic. Lucía Ortiz Rocca. Forma parte de la Cátedra de Microbiología Agrícola y ofrece servicios personalizados y soluciones bioinformáticas adaptadas a las necesidades de investigación y desarrollo en genómica, transcriptómica y metagenómica.
Objetivo
Se prestan servicios de análisis de datos bioinformáticos en las áreas de genómica, transcriptómica y metagenómica.
¿Qué hacemos?
Proporcionamos análisis avanzados de datos bioinformáticos y capacitaciones para resolver desafíos científicos y tecnológicos en las áreas de genómica, metagenómica y transcriptómica.
Nuestros servicio
Ensamblados:
Trabajamos con tecnologías Illumina, Oxford Nanopore, PacBio, Sanger y 454 para:
- Ensamblado de genomas y transcriptomas.
Metagenómica:
- Metagenómica basada en amplicones: análisis de diversidad microbiana y funcional a partir de amplicones 16S, ITS y 18S.
- Metagenómica basada en secuenciación de ADN total.
Anotación funcional y estructural:
- Identificación de genes y elementos genómicos.
- Anotaciones de vias metabólicas, anotaciones ontológicas.
Análisis en transcriptómica:
- Procesamiento y análisis cuantitativo de datos.
- Detección de genes diferencialmente expresados y enriquecimiento de conjuntos de genes
Análisis de variantes genómicas:
- Identificación de SNPs y otras variantes alélicas en estudios de diversidad genética.
Asesoría técnica y capacitaciones:
- Diseño de pipelines bioinformáticas para proyectos específicos.
- Cursos personalizados.
¿Por qué elegirnos?
- Experiencia comprobada: Nuestro equipo combina experiencia científica y un enfoque práctico en bioinformática aplicada.
- Flexibilidad y personalización: Adaptamos nuestras soluciones a las necesidades específicas de cada proyecto.
- Resultados confiables: Entregamos informes claros y orientados a la toma de decisiones.
Algunas publicaciones en bioinformática de nuestro grupo, desde 2020
- Vignale MV, Ortiz Rocca LO, Soria M, Iannone L, Novas MV. Ecotype and fungal endophyte status differentially affect soil arbuscular mycorrhizal community of the native grass Bromus auleticus. Rhizosphere, 2023, 100757. DOI:10.1016/j.rhisph.2023.100757.
- Mon ML, Marrero Díaz de Villegas R, Campos E, Soria MA, Talia PM. Characterization of a novel GH10 alkali-thermostable xylanase from a termite microbiome. Bioresources and Bioprocessing, 2022, 9:1-15. DOI:10.1186/s40643-022-00572-w.
- Medina V, Rosso BE, Soria M, Gutkind GO, Pagano EA, Zavala JA. Feeding on soybean crops changed gut bacteria diversity of the southern green stinkbug (Nezara viridula) and reduced negative effects of some associated bacteria. Pest Management Science, 2022, 78: 4608-4617. DOI: 10.1002/ps.7080.
- Guerrero EB, Rubén Marrero Díaz de Villegas R, Soria MA, Paz Santangelo M, Campos E, Talia PM. Characterization of two GH5 endoglucanases from termite microbiome using synthetic metagenomics. Applied Microbiology and Biotechnology, 2020, 104:8351-8366. DOI: 10.1007/s00253-020-10831-5.
- Mc Cargo PD, Ianonne LJ, Soria M, Novas MV. Diversity of foliar endophytes in a dioecious wild grass and their interaction with the systemic Epichloë. Fungal Ecology, 2020, 47: 100945. DOI: 10.1016/j.funeco.2020.100945.
- Romero Victorica M, Soria MA, Batista Garcia RA, Ceja-Navarro JA, Vikram S, Ortiiz M, Ontañon O, Ghio S, Martínez-Avila L, Quintero García OJ, Etcheverry C, Campos E, Cowan D, Arneodo J, Talia PM. Neotropical termite microbiomes as sources of novel plant cell wall degrading enzymes. Scientific Reports, 2020, 10:3864. DOI:10.1038/s41598-020-60850-5.
- Bei J, Bigi MM, Lima A, Zhang Q, Blanco FC, López B, Yu T, Wang Z, Dai Z, Chen Z, Cataldi AA, Sasiain MC, Ritacco V, De la Barrera S, Soria MA, Durán R, Bigi F. A Phenotypic Characterization of Two Isolates of a Multidrug-Resistant Outbreak Strain of Mycobacterium tuberculosis with Opposite Epidemiological Fitness. BioMed Research International, 2020, 2020:4741237. DOI: 10.1155/2020/4741237
Contacto
Laboratorio de Bioinformática – Cátedra de Microbiología Agrícola de la Facultad de Agronomía. Universidad de Buenos Aires.
Tel: (011) 5287-0061 - E-mail: soria@agro.uba.ar - ortizrocca@agro.uba.ar